Много времени прошло с тех пор, как знаменитый Эш Кетчум начал свое путешествие. После всего он осел в родном городе Канто. Другие тренера тоже уже обзавелись семьей и спокойно растят детишек. Но не все так тихо и гладко, как кажется.
Стали доходить слухи о таинственных «Пробужденных». Участились случаи появления на свет в обычных семьях детей с отклонениями и явными признаками, характерными только для покемонов.
Города охватила паника – действительно эти «Пробужденные» имеют загадочные силы. Родители стали запрещать их детям видится с ними и в итоге оскорбленные и обозлившиеся «Пробужденные» основали свою организацию. Её цель – уничтожение людей.
Когда началось первое наступление Пробужденных оказалось, что они завладели остатками знаний и информации Мьюту. Они научились клонировать покемонов, получили темные покеболы, которые по качеству ловли сходны с мастерболами. Но людей защитили стихийники.
Кланы, в тайне от людей враждующие между собой долгие столетия наконец показались и о них узнали почти все люди. Война была выиграна, но Пробужденные только стали сильнее работать над разработкой нового оружия, для захвата. После этой войны их главными врагами стали стихийники, чье шаткое перемирие уже почти развалилось и вскоре вновь начались стычки между разными кланами.
Люди стали постепенно забывать о всем случившемся и кланы вместе с Пробужденными снова ушли в тень, но это не значит, что они не смогут в решающий момент нанести серьезный удар своим противникам…..

Пробужденным удалось клонировать легендарных покемонов. Это был просто прорыв для их организации! Теперь уверенность в их победе приближалась к максимальной точке. Когда желаемое было так близко.... Они сами испортили свой план - оборудование не выдержало натиска множественных атак легендарных покемонов и они все вырвались и отправились к своим оригиналам. Но копии не идентичны оригиналам - они слабее, теперь любой тренер может поймать себе одного!(Да,да. Только одного за всю игру, так что думайте внимательней, перед ловлей, их обмен строго запрещен....)
Пробужденные тоже погут поймать одну легенду.